Ну,почему у него,не знаю,а почему наоборот догадываюсь )
Чтобы с раздела на раздел скопировать файл считывающая головка должна сначала пройти над участком,где есть информация(ту,которую копируют), и только потом передвинуться в то место, куда её,собственно,надо записать. При больших файлах это время перескока компенсирует буфер, а при малых оно возрастает до приличных значений (Большой файл тоже может тормозить из за фрагментации) потому что большее время диск должен тратить на поиск места хранения файла и места,куда он запишется.
В случае с двумя дисками же, один ищет и считывает,а второй записывает ) Разность в скорости между дисками,в принципе небольшая (до двух раз) и зависит не только от марки,но и от того, на какой части блина находится раздел чтения/записи (внешний раздел безусловно быстрее внутреннего), а также от изношенности диска (сектора потихоньку переходят в бэды и их скорость падает).