Никак, сами выставляются.
Трут? Отрегулируй ещё калипер (ослабь его, зажми тормоз (вел НЕ перевёрнут!), закрути калипер, отпусти тормоз). Сильно и резко несколько раз понажимай на тормоз.
Возможно, колодкам нужно время, чтобы притереться.

делай так -  ослабь болты каллипера до положения, года каллипер свободно двигается, потом сильно пожамкай тормозную ручку -  раз 20-ть не меньше, затем зажми ее сильно сильно и закрути болты каллипера, если с тормозами все нормально -  то колодки должны встать как нужно. Да... чуть не забыл  - не советую использовать роторы шимано, т.к.  они толще чем авидовские, а у этих тормозов зазор между колодок маленький.  Сливать тормозную жидкость как советует Gankmonk - это уже крайний случай и не всегда помогает.

Шайбы подложи.

я так понял сам диск задевает о калипер сверху? если так то шайбы в помощь это проблема почти всех авидов, с ротором на 180 нужно шайб еще где то 5мм в любом магазине строительном 20 руб шайбы М6. а на счет того что колодки слишком близко, тут можно раскрутить на ручке заглушку, раздвинуть колодки (полностью можно) вытечет лишний дот, вставить ченить между колодками и долить тормозухи для уверенности(может и не надо, если дот прям на ручке весь "с горочкой" над отверстием ) просто закрутить болт на ручке. пожамкать ручку и колодки должны встать нормально. У меня так получалось всегда. И да у меня ротор шимано нечего он не толще нормальный зазор, в лист бумаги альбомной точно.

Если диск торцом по калиперу трет, то это точно несоответствие переходника и диска. Решается заменой диска или переходника ... Ну или шайбочками.

Если проблемка расстоянии между колодок, тогда так:
1. Проверь оба ли цилиндра работают. Если один из них закис, то добро здравствуй полная переборка с последующей прокачкой.
2. Если с цилиндрави все в норме, тогда переводи тормозную ручку в сервисный режим ( от себя до щелчка ) в этом положении откручивай порт прокачки. После этого аккуратно раздвинь колодки, они достаточно легко поддадутся. Потом закрути порт и пожамкай, все должно работать. Порт прокачки всегда при этом держи максимально высоко и горизонтально, иначе воздуха насосешь. Как отцентровать калипер объяснил azor, повторять не буду.

И, да - по толщине диски можно вот так расположить:
Самые тонкие у формулы, потом авид, далее ашима и шимано, самые толстые хопы.